Inicialmente, la tripulación de los buques de la Flota Mercante Grancolombiana eran extranjeras, venían de España, Alemania y Portugal entre otros.

Paralelamente, con la adquisición de los buques mercantes, el gobierno colombiano vio la necesidad de empezar a formar tripulaciones propias y especializadas en el manejo de este tipo de embarcaciones. Por gestión del Gobierno de Colombia y con la colaboración del agregado Naval Wolfgang Enrique Larrazabal Ugueto, mediante una beca del gobierno venezolano tres jóvenes colombianos fueron enviados a la Escuela Nautica de Venezuela, para su capacitación como cadetes mercantes, Sigifredo Ramírez Carmona, Gustavo Jiménez Silva y Jaime Rueda Williamsom. En 1952 fueron embarcados como pilotines mercantes, en la motonave “Ciudad de Barquisimeto” de bandera venezolana propiedad de la Flota Mercante Grancolombiana, se graduaron en 1953 y posteriormente fueron reconocidos como el curso M-0

Durante el Gobierno de Laureano Gómez mediante el decreto extraordinario No 144 de agosto de 1951, instauró los cursos de oficiales de la Marina Mercante, a cargo de la Escuela Naval Almirante Padilla en Cartagena.

El curso M-1, estuvo compuesto por los cadetes: Filberto Bolivar Medina, Andrés Carrillo Bohorquez, Juan Cediel Bosco Navarro, Edmundo de la Calle Erazo, Mario Dueñas Molano, Jorge Guarin Gómez, Gilberto Navas Serrano, Jaime Parra Solano, Ernesto Rozo Rueda, Fernando Falconi Vela, quienes ingresaron El 13 de agosto de 1951 y se graduaron el 10 de junio de 1954.

Para iniciar los cursos de Marina Mercante, la Escuela Naval trajo a una misión chilena compuesta por oficiales de alta graduación como fue el caso del Capitan de Corbeta Juan Bascopé Guzmán. Para las materias especializadas de la Marina Mercante, se confiaron a marinos legendarios que huyeron de la Segunda Guerra Mundial en pequeñas embarcaciones con sus familias, mayoritariamente de origen europeo, fue el caso del capitán Gabriel Kleindl, que prestó sus servicios a bordo de las motonaves de la Flota Mercante Grancolombiana y asesoró a la Escuela Naval en la formación de Marinos Mercantes Colombianos hasta 1957. Ese año, regresaron a sus países, dejando a cargo a dos Oficiales Mercantes egresados del primer contingente Mercante de la Escuela Naval.

La creación oficial de la Marina Mercante se consolidó el 20 de diciembre de 1952 con la expedición del decreto 3183, adscrita a la Armada Nacional, para regular la seguridad, el registro de las naves y los certificados profesionales. Mediante el decreto de ley 2349 de 1952, la institución se transformó en la Dirección General Marítima y Portuaria hoy conocida como (DIMAR) que asumió la regulación total de la Marina Mercante y la investigación Científica Marítima.

En el año 2016, la Fundación Entremares formalizó el 08 de junio como el día de la Marina Mercante Colombiana, coincidiendo con la Fundación de la flota Mercante Grancolombiana y el día mundial de los Océanos, fecha establecida por la ONU, para resaltar su importancia en el planeta.